Bueno: comentarte que desactivar la EGR suele hacer que el coche humee mas, subira ligeramente el consumo del coche. . . Pueden ser beneficios a la larga en cuanto a mierda que le metas al motor, aunque para eso estan los filtros del aire. Yo lo suelo cambiar en todas las revisiones (no cuesta mucho dinero). Quizas de problemas en cuanto a parametros de presion de aire y recirculacion y no se si ira asociado al FAP. . .
Si tienes que pasar la ITV, la dejaria montada y despues de pasarla probaria a desactivarla. El humo negro suele ser por el tipo de gasoil que utilices y la zapatilla que le des habitualmente: un par de pisotones para arrastrar carbonilla le vendran de lujo.
Saludos!!